Как поставить машину на учет, если имеется запрет на регистрацию?

Согласно ст. 304Гражданского кодекса РФ собственник может требовать устранения всяких нарушений его права, хотя бы эти нарушения и не были соединены с лишением владения.

Часть 2 ст. 35 Конституции России гарантирует, что каждый вправе иметь имущество в собственности, владеть, пользоваться и распоряжаться им как единолично, так и совместно с другими лицами.
Приведенные Вами обстоятельства, свидетельствует о необходимости устранения нарушения Вашего права собственности путем освобождения автомобиля от ареста.

Регистрация транспортных средств не является правоустанавливающим актом. Гражданский кодекс России не предусматривает осуществление какой-либо регистрации для возникновения права собственности на автомобиль, который относится к движимому имуществу. Вы стали собственником автомобиля с момента его получения по договору купли-продажи.