Какой штраф грозит, если не зарегистрирован багажник на автомашину?

Туяра!

Если речь идёт не о стационарных багажниках, установка которых влечёт за собой внесение изменений в конструкцию транспортного средства, то и регистрировать эти изменения надо как положено. А если вы говорите о каком-то съёмном устройстве, которое можно прицепить-отцепить и его габариты позволяют эксплуатировать авто без каких-либо ограничений, то и регистрации никакой не надо, установка багажника на крышу на штатные места крепления не требует регистрации.